El cobre consumido en la dieta suele ser suficiente para cubrir los requerimientos, por lo que un déficit es poco común. La enfermedad de Menkes es una enfermedad hereditaria muy poco común que afecta a la distribución del cobre en el organismo: el cerebro y otras partes del cuerpo no reciben suficiente cobre mientras que se acumula en el intestino delgado y los riñones. Eso afecta a la estructura de huesos, piel, cabello y vasos sanguíneos e interfiere en la función nerviosa.
El cobre es tóxico en grandes cantidades. Existe una patología, la enfermedad de Wilson que ocasiona depósitos de cobre en el hígado, cerebro y otros órganos lo cual conduce a hepatitis, compromiso renal y trastornos cerebrales.