El déficit de manganeso no es común, pero si se da, produce síntomas como: alteraciones del crecimiento, pérdida de masa ósea y desmineralización, alteraciones del sistema reproductor, en la tolerancia a la glucosa y en el metabolismo de los nutrientes, debilidad, ataxia, despigmentación del cabello y uñas, erupciones cutáneas, cambios en el estado de ánimo y dolores premenstruales más fuertes de lo normal.
La toxicidad por exceso de manganeso cursa con síntomas como: temblores, dificultad para caminar, espasmos musculares faciales, alteración de la memoria, irritabilidad, agresividad, alucinaciones y pérdida del apetito.