Juega un papel importante en los mecanismos de defensa del organismo donde ejerce una acción antibacteriana (Gram positivas y negativas), antiviral, antimicótica y antiinflamatoria debido tanto a su capacidad para secuestrar hierro, necesario para el crecimiento microbiano, como a su poder para influir en procesos inmunes innatos y adaptativos
Desempeña la función de molécula asesina natural, interviene en los fenómenos de inflamación y afecta a la producción de citoquinas. Por eso, su concentración a nivel plasmático suele ser mayor en caso de inflamación y de enfermedades infecciosas o tumorales.
La lactoferrina es una proteína muy estable a pH bajo, así que en un medio ácido como el que se genera en un foco inflamatorio, es capaz de mantener toda su eficiencia captadora de hierro.
Además, favorece la producción endógena de Bifidobacterium, es capaz de crear una base de arraigo y desarrollo de la microbiota intestinal buena.